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研究员
钟怡 博士
上海市免疫治疗创新研究院-研究员
上海市免疫治疗创新研究院-研究员
 
zhongyi@sjtu.edu.cn
钟怡研究员,上海交通大学医学院附属仁济医院/上海市免疫治疗创新研究院PI,博士生导师。欧盟委员会尖端科学院MARIE-CURIE学者,上海市优秀青年学术带头人。2016年获德国图宾根大学生物信息学博士学位。后于美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心/霍华德休斯医学研究所从事免疫学博士后研究。2021年以人才引进途径入职上海交通大学医学院附属仁济医院,开展系统免疫学与计算生物学前沿交叉学科研究。先后以第一和通讯作者在Nature Immunology (2022), Immunity(2019,2020),Cell Research (2010,2011)和Bioinformatics(2017)等杂志发表多篇重要研究论文。团队课题研究以学科交叉为特点,综合运用细胞生物学、计算生物学、表观遗传学、单细胞测序技术等策略来研究免疫学问题。 实验室主页: zhong-lab.com
研究领域
系统免疫与计算生物学,全景解析炎症及肿瘤环境下免疫细胞分化及定量转录调控。
研究方向

1.T细胞分化及长期记忆形成过程细胞亚群动态定量表观遗传调控

2.T细胞时空发育的调控图谱构建,及相关临床疾病发生与发展的分子病因研究

3.免疫细胞多层级转录调控网络重构及细胞命运预测模型的建立

荣誉奖项
 
2021年 上海交通大学医学院创新团队成员
2016年 欧盟委员会尖端科学院玛丽-居里学者奖
科研项目
 
1.32170883,国家自然科学基金面上项目,T细胞活化的多层级调控网络及其重塑表观基因组的调控通路,2022年1月-2025年12月,项目负责人
2.2021YFC2301502,国家重点研发计划,基于知识图谱的结核分枝杆菌和冠状病毒长效广谱保护性表位的发现,2021年12月-2024年11月,课题骨干
3.21JC1404200,上海市市科委项目,T细胞调控高亲和力抗体的分子机制研究  2021年10月-2024年9月,项目参与人
4.PITN-GA-2012-316861, Marie Curie Fellowship (EU),  Machine Learning for Personalized Medicine, 2013年-2016年, 项目负责人
教育经历&工作经历
 
2021.4-至今 上海交通大学医学院附属仁济医院、上海市免疫治疗创新研究院 研究员
2016.4-2021.3 纪念斯隆-凯特林癌症中心 博士后
2011.10-2016.3 图宾根大学 博士
2009.1-2011.9 中国科学院上海生命科学研究院 研究实习员
2007.8-2008.12 上海交通大学医学院病原生物学系 科研助理
2004.9-2007.7 上海交通大学医学院 硕士
1999.9-2004.7 南华大学预防医学 本科
重要论著
 
1.Yi Zhong, Sarah Walker, Yuri Pritykin, Christina Leslie, Alexander Rudensky, Joris van der Veeken. Hierarchical regulation of the resting and activated T cell epigenome by major transcription factor families. Nature Immunology 2022 Jan;23(1):122-134.
2.Joris van der Veeken*, Ariella Glasner*, Yi Zhong*, Wei Hu, Zhong-Min Wang, Regina Bou-Puerto, Louis-Marie Charbonnier, Talal A Chatila, Christina S Leslie, Alexander Y Rudensky. The transcription factor Foxp3 shapes regulatory T cell identity by tuning the activity of trans-acting itermediaries. Immunity 2020 Nov 17;53(5):971-984.e5.
3.Joris van der Veeken*, Yi Zhong*, Roshan Sharma, Linas Mazutis, Phuong Duo, Dana Pe’er, Christina Leslie, Alexander Rudensky. Natural genetic variation reveals principles of stable epigenetic regulation in virus-specific CD8 T cells. Immunity 2019 May 21;50(5):1202-1217.
4.Yi Zhong#, Theofanis Karaletsos, Philipp Drewe, Vipin T Sreedharan, David Kuo, Kamini Singh, Hans-Guido Wendel, Gunnar Rätsch#. RiboDiff: Detecting changes of mRNA translation efficiency from ribosome footprints. Bioinformatics 2017 Jan 1; 33(1): 139-141.
5.The Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA). The molecular taxonomy of primary prostate cancer. Cell 2015 Nov 5;163(4):1011-25.
6.Yi Zhong#, Philipp Drewe, Andrew L Wolfe, Kamini Singh, Hans-Guido Wendel, Gunnar Rätsch. Protein translational control and its contribution to oncogenesis revealed by computational methods. BMC Bioinformatics 2015, 16(Suppl 2):A6.
7.Xiaodi Su*, Yingpu Yu*, Yi Zhong, Eugenia Giannopoulou, Xiaoyu Hu, Hui Liu, Justin Cross, Gunnar Rätsch, Charles Rice, Lionel B. Ivashkiv. Interferon-γ regulates cellular metabolism and mRNA translation to potentiate macrophage activation. Nature Immunology 2015 Aug;16(8):838-49.
8.Andrew Wolfe*, Kamini Singh*, Yi Zhong, Philipp Drewe, Vinagolu K. Rajasekhar, Viraj R. Sanghvi, Konstantinos J. Mavrakis, Man Jiang, Justine E. Roderick, Joni Van der Meulen, Jonathan H. Schatz, Christina M. Rodrigo, Chunying Zhao, Pieter Rondou, Elisa de Stanchina, Julie Teruya-Feldstein, Michelle A. Kelliher, Frank Speleman, John A. Porco, Jerry Pelletier, Gunnar Rätsch, Hans-Guido Wendel. RNA G-quadruplexes cause eIF4A-dependent oncogene translation in cancer. Nature 2014 Sep 4;513(7516):65-70.
9.Yi Zhong*, Xiao Chang*, Xing-Jun Cao*, Yan Zhang, Huajun Zheng, Yongzhang Zhu, Chengsong Cai, Yuan-Yuan Li, Guo-Ping, Zhao, Shengyue Wang, Yixue Li, Rong Zeng, Xuan Li, Xiao-Kui Guo. Comparative proteogenomic analysis of the Leptospira interrogans virulence attenuated strain IPAV against the pathogenic strain 56601. Cell Research 2011 Aug;21(8):1210-29.

10.Wei Zhao*, Yi Zhong*, Hua Yuan*, Jin Wang, Huajun Zheng, Ying Wang, Xufeng Cen, Feng Xu, Jie Bai, Xiaobiao Han, Gang Lu, Yongqiang Zhu, Zhihui Shao, Han Yan, Chen Li, Nanqiu Peng, Zilong Zhang, Yunyi Zhang, Wei Lin, Yun Fan, Zhongjun Qin, Yongfei Hu, Baoli Zhu, Shengyue Wang, Xiaoming Ding, Guo-Ping Zhao. Complete genome sequence of the rifamycin SV-producing Amycolatopsis mediterranei U32 revealed its genetic characteristics in phylogeny and metabolism. Cell Research 2010 Oct;20(10):1096-108.